Do 1905 roku Krypno należało do parafii knyszyńskiej. W tym właśnie roku biskup Edward Ropp erygował parafię w Krypnie.

Istnieje prawdopodobieństwo, że już w XVI wieku istniała kaplica z obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem. W XVII wieku w miejsce kaplicy wybudowano niezbyt okazałą drewnianą świątynię, będącą kościołem filialnym parafii knyszyńskiej.
Ksiądz Walentynowicz sugeruje, że kaplica mogła powstać już w końcu XV w. lub też w pierwszej połowie XVI w. Że zaraz po 1520 roku już była, nie ulega wątpliwości. Przemawia za tem i ta okoliczność, że na Krypnie był główny fundusz ziemski kościoła knyszyńskiego, nadany w roku 1520 przez księcia Mikołaja Radziwiłła. Tu wkrótce zbudowano i drugą plebanję knyszyńską i zabudowania gospodarcze dla tego funduszu. Tu od samego początku często przebywali proboszczowie knyszyńscy i dla odprawiania Mszy Świętych mieli tę kaplicę, która może była i głównym powodem do nadania Krypna na fundusz kościelny. H. Stasiewicz w opisie parafii rzymskokatolickiej w Knyszynie odnotowuje: Wiadomym jest, że pierwszy kościół w Krypnie wzniósł proboszcz knyszyński zapewne ks. Józef Szczyt - Zabielski, budowniczym zaś był majster z Pęskich. Kościół oprócz ołtarza głównego posiadał jeszcze dwa boczne, jeden poświęcony św. Katarzynie i drugi św. Stanisławowi Kostce.

J. Maroszek pisze, że kościół zbudowała Konstancja Zamojska przed 1633 r. i przeniosła do niego cudowny obraz z kaplicy w Knyszynie. Wizytacja z 1731 r. informuje, że kościół wybudował proboszcz knyszyński dla dogodności swojej rezydencji. Jeśli założymy, że było to przed 1636 r. fundatorem świątyni musiał być ks. Paweł Siuchnicki. Pierwszy kościół krypnieński był budowlą drewnianą, wykonaną przez cieślę z miejscowości Peńskie. Świątynia najprawdopodobniej była konsekrowana w 1674 r. przez biskupa Mikołaja Słupskiego, sufragana wileńskiego. W skromnym wnętrzu kościoła znajdował się ołtarz główny i dwa ołtarze boczne. W ołtarzu głównym znajdował się obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem. Wykonany na lipowej desce o wymiarach 97 x 63.5 cm, sklejonej z dwóch części. Wizerunek Maryi trzymającej na lewej ręce Jezusa namalowano techniką temperową na gruncie wapiennym, prawdopodobnie w końcu XVI lub na początku XVII w. Po konsekracji kościół w Krypnie został podniesiony do godności filji, czyli córki kościoła knyszyńskiego i w tej godności wystąpił w nowym spisie kościołów diecezjalnych, sporzadzonym w 1674 r. za biskupa wileńskiego Zienkowicza na jego Synod Diecezjalny.

W latach 1765 - 1777 proboszcz parafii knyszyńskiej i goniądzkiej Antoni Wacław Betański nakazał stary kościółek rozebrać i na jego miejsce wybudował większy. Świątynię postawiono z drzewa, szalując ją deskami na zewnątrz. Według opisu z 1829 r. kościół wyglądał następująco: Wymiary tego kościoła były 30x11x8 arszynów . Był z drzewa, kryty gontami, podłogi miał z cegieł i podwójny sufit z tarcic. Okien miał 8, drzwi podwójnych dwje i pojedynczych czworo.
Ołtarzy było w nim trzy. Ołtarz główny z obrazem Matki Boskiej Pocieszenia, ołtarz boczny św. Katarzyny, z obrazem świętej na płótnie malowanym. Oba te obrazy sprawił w 1815 r. ks. proboszcz Mateusz Jakub Kisielewski na własny koszt. W kościele tym był chór i na nim organik pozytywek w dobrym stanie, następnie była ambona zwykłej stolarskiej roboty, dwa konfesjonały i na kościele dwie blokowe ławki, w prezbiterium dwie ławki pojedyncze.
O kilkanaście kroków stała od kościoła drewniana dzwonnica gontami pokryta, kwadratowa długości i szerokości 6 arszynów, obita deskami, 8 arszynów wysoka. Na wierzchu dzwonnicy stał żelazny krzyż, ustawiony w kamieniach. Dzwony były dwa. Jeden większy o wadze 9 pudów /ok. 145 kg/ i drugi mniejszy o wadze 6 pudów /ok. 96 kg/ i obydwa były umieszczone w tej dzwonnicy. Oprócz tego na kościele była sygnaturka o wadze 8 funtów i przy ołtarzu oraz w zakrystii dzwonków razem 9.
W tym samym inwentarzu można przeczytać: O 4 Werstów od Miasta Knyszyna znajduje się Filjalny we wsi Krypnie Kościelni Kościół. Ten jest w dobrym stanie pobudowany w Prostokąt z Drzewa w Węgieł Tarcicami z nadworza okożuchowany. Budował go ś. P. Ksiądz Betański Proboszcz Knyszyński na miejscu gdzie Stary Kościół stojał.
Kościół w takim stanie przetrwał ponad sto lat. Na początku XIX w. cmentarz przykościelny ogrodzono kamiennym murem, a w 1820 r. obsadzono drzewami...